Tarpeettoman jätteen vähentäminen tarkoittaa mm. tuotteiden pitkäikäisyyttä ja korjattavuutta sekä biojätteen kompostointia. Jätteen synnyn ehkäisyyn liittyy myös materiaalitehokkuus, jossa pyritään välttämään turhan hukkamateriaalin syntyä. Luonnontieteiden opetuksessa pitää kiinnittää erityistä huomiota käytettävien aineiden määriin ja valita ympäristön kannalta mahdollisimman vaarattomia ja helposti hävitettäviä yhdisteitä.
Luonnollisesti opetustiloissa lajitellaan paperi, kartonki, energiajae, sekajäte, lasi, metalli ja biojäte omiin astioihinsa. Opetustilakohtaiset asianmukaisesti ohjeistetut keräysastiat on hyvä olla ainakin paperille, energiajakeelle, sekajätteelle, lasille ja biojätteelle. Biojäteastia on tyhjennettävä aina oppitunnin jälkeen. Myös ne jätteet, joille ei ole opetustilakohtaista keräysastiaa, on toimitettava oppitunnin jälkeen koulukohtaisiin keräysastioihin. Likainen laboratoriolasi ei kuulu lasinkeräykseen vaan sekajätteeseen. Rikkinäiset lasit on pakattava huolella, jotta ne eivät vahingoita ketään. Paristot, akut, loisteputket, energiansäästölamput ja halogeenit tulee viedä vaarallisen jätteen kierrätykseen. Koulussa voi olla erillinen vaarallisen jätteen keräyspiste, josta jätteet toimitetaan jäteasemille. Luonnontieteiden opetustiloissa syntyy myös jätettä, jonka käsittely vaatii erityistoimia. Tällaista jätettä ovat esimerkiksi kemikaalijätteet