Biologisen jätteen synty on hyvä minimoida työtapojen avulla. Useampi ryhmä voi käyttää samaa materiaalia, kun työt rytmitetään sopivasti.
Biologisten jätteiden kohdalla on varmistuttava siitä, että eliöperäiset jätteet käsitellään ja pakataan asianmukaisesti ennen jäteastioihin viemistä. Jätteet tulee kuljettaa pois opetustilasta työskentelyn päätyttyä.
Mikrobikasvatukset tulee käsitellä niin, että niistä ei aiheudu haittaa jatkokäsittelijöille. Mikrobimaljat voidaan joko autoklavoida tai keittää painekattilassa kasvustojen tuhoamiseksi tai käsitellä laimennetulla hypokloriittiliuoksella.
Mikäli koulussa tehdään geeninsiirtoja mikrobien avulla, on maljojen kasvustot tuhottava erittäin huolellisesti autoklaavissa tai hypokloriitilla. Oikealla tavalla käsitelty jäte on sekajätettä tai vaarallista jätettä.
Tartuntavaarallinen riskijäte ja geeninsiirtomaljat pakataan huolellisesti ja toimitetaan erikseen jätteenkäsittelylaitokselle hävitettäväksi